Wielkość komórek prokariotycznych wynosi zazwyczaj 0,2-2,0 mikrometrów średnicy, podczas gdy komórki eukariotyczne mają średnicę 10-100 mikrometrów.

Eukariota nazywany jest „prawdziwym jądrem”, ponieważ zawiera jądro otoczone błoną i składa się z innych organelli, takich jak lizosomy, kompleks Golgiego, retikulum endoplazmatyczne, mitochondria i chloroplasty, podczas gdy prokariota nie posiada błony jądrowej ani innych organelli otoczonych błoną.

U prokariotów flagellum zbudowane jest z dwóch białkowych bloków konstrukcyjnych, a ściana komórkowa jest złożona chemicznie i zbudowana z peptydoglikanu (pojedynczego dużego polimeru aminokwasów i cukru), podczas gdy flagellum eukariotów jest bardziej złożone z wielu mikrotubul, a gdy występują ściany komórkowe są one proste chemicznie.

U prokariotów podział komórki następuje poprzez rozszczepienie binarne i nie zachodzi mejoza, a jedynie przeniesienie fragmentów DNA następuje poprzez koniugację. Podział komórki u eukariotów zachodzi poprzez mitozę, a rozmnażanie płciowe poprzez mejozę.

U eukariotów błona plazmatyczna składa się ze steroli i węglowodanów. Cytoplazma składa się z cytoszkieletów i obecne są strumienie cytoplazmatyczne. Rybosomy są większe (80S) i mniejsze (70S), a chromosomy są wielokrotne i liniowo ułożone z histonów. DNA eukariotów jest znacznie bardziej złożone niż DNA prokariotów.

U prokariotów błona plazmatyczna nie zawiera węglowodanów ani steroli. Cytoplazma nie posiada cytosketonu ani strumieni cytoplazmatycznych. Rybosomy są mniejsze (70S) i występują z pojedynczym kolistym chromosomem, który nie składa się z histonów.